на холодную при включении 4-ой передачи какой-то стук
 

е36 М40, уже около полугода проблема, с утра выезжаю и при включении 4-ой передачи появляется какой-то скрежет, как будто шестеренки трутся! Именно при включение передачи, а так всё в порядке, когда машинка прогревается всё работает на ура... меняли коробку на другую, ничего не изменилось, хотя на доноре такой проблемы не было и кулиса ходила очень легко, на моей надо немного усилий прикладывать... В чем может быть проблема? Сама кулиса или главный цилиндр сцепления? И если можно скинте ссылочку пожалуйста как добраться до них, а то по цилиндру никакой инфы в нете не нарыл. Заранее спасибо!

Может сцепление ведет. Это либо главный цилиндр, либо само сцепление, посмотреть жидость в бачке, может попробовать удлинить шток рабочего цилиндра.
Судя по тому, что на холодную - может манжета главного перепускает.

сцепление с коробкой перекидывали... а где главный цилиндр находиться? реально к нему в гаражных условиях подлезть или подъемник нужен?

В моей - в салоне за педалью... По остальным мануалы есть.. На холодную главный, наверное, так можно проверить (первое, что в мозг пришло) - зафиксируй шток рабочего цилиндра и нагрузи педаль, если будет медленно проваливаться, то манжета перепускает, если колом встанет, дело не в главном..
Но, сначала жидость погляди..

а кулиса почему может туже ходить чем на доноре? меняли коробку но кулиса родная осталась...

Где-то, в книге по 39 видел, как измерить геометрию монтажа коробки к кузову, может и здесь присутствуют требования. Наверняка ведь, просто прикрутили к кузову и вперед. Кулиса туже может ходить, только в случае дополнительной, непредусмотренной нагрузке, видимо ее что-то изгибает.