Peter7,
Согласен, если кратковременный перегрев. Нужно искать причину, а не ездить с закипающим мотором.
MGP,
Для начала промой радиатор, его соты снаружи. Не снимая, все сразу(между радиаторами кондея и движка стоят еще ГУРовский, АКПП - если коробка автомат). Только напор слабенький делай иначе загнешь алюминиевые соты. Если есть опыт и желание, то желательно радиатор снять.
Затем проверь работоспособность дополнительной помпы. Она электрическая, стоит в моторном отсеке слева, выполнена в сборе с клапанами(узел от которого уходят шланги на "печку", в салон). У тебя может и отличаться. Загляни в ТИС.
Не забудь про вискомуфту.
Начинать нужно с меньшего зла.
Вдруг Тебе повезет.
А до головки всегда добраться успеешь.
P.S ТИС в помощь:
http://tis.bmwcats.com/document/repair/E39/
Удачи!