Извини, я с БМВ пока немного работаю и конкретно с такой проблемой еще не сталкивался.
У меня есть мысль, что если у тебя навигация штатная, то она должна быть, наверное прописана в машину. Какой-то блок не дает ему просыпаться после долгого выключения зажигания.( Все блоки в машине в целях энергосбережения АКБ засыпают, когда у них нет работы, выключено зажигание, и стоит на охране).
Когда накидываешь клемму на АКБ, все блоки, которые имеют к АКБ подключение напрямую - тут же просыпаются, но начинают засыпать, как выключишь зажигание и поставишь на охрану. Если есть здесь опытные спецы, пусть они меня поправят.
Т.е. всё, что касается навигации, должно быть прописано в машину (в некий центральный блок).