У меня была точно такая проблема. У меня е36 после замены помпы, и подтекали шланги на печки - купил герметик (незнаючи тогда что этого делать нельзя не при каких обстоятельствах) залил. Течь перестала но начался не понятный гемор. Температура стоит, а ОЖ выдавливает - поседел подумал и решил- прогорела прокладка ГБЦ. Купил заменил- начал испытания, и вот о боже - температура стоит в норме, 2-й круг не открылся а жидкость выливается, б...ть чуть незаплакал пошол домой. После долгих бесед с бятей (у него было 3-и БМВ) и сказав что залил герметик, было решено что воздух в системе. На крышке термостата был болтик его сломали (незнаю есть на е46), я его востановил. Залил ОЖ (снова) завел, машина прогрелась, стою смотрю в расш.бачок (он открыт) как только ОЖ начала подниматься, открутил сразу черный винтик рядом с крышкой расш.бочка- жидкость пошла на спад а из винтика пошол пар, как тока жидкость перестала идти на уменьшение - винт закрутил.Покзовал погазовал, опять стала подниматься, повторил такуюже процедуру. Потом прогрел до того что бы открылся второй круг(на ощуп за патрубок) выкрутил самодельный винт (в крышке термостата) пока не полилась ОЖ, все закрутил, закрыл и поехал. Все востановилось - НО иногда посматривая в бочок всё равно ОЖ поднимается, выкручиваеш черный винтик оттуда выходит пар и ОЖ отпускается (на заведенную).
Зделай такую проверку --- (назаведеном двигателе) К расшир.бочку подходит сверху патрубок- откручиваеш крышку, глядя в туда начинайэнергично (как бы прокачивая) сжимать этот патрубок двумя руками - если был залит герметик, нанут идти пузыри в расш.бочке с низу а сверху под самой крышко есть отверстие (слева внутри) должна послиться ОЖ, если этого не произошло значит отверстие забито, можно прочистит с помощью таких качков.(если нет менять бочок).
Потом я стал вот таким способом прокачивать это отверстие почти раз в неделю. Надоело взял слил всю эту херню (промыв радиатор) залил чистый и всё стало на свои места. Сейсас всё в порядке.
Отсюда следует тебе надо обязательно всю систему хорошо промыть, и избавиться от завоздуха в системе, а это довольно сложно..