Шумит сцепление.
 

БМВ 520I Е39 при полном выжимании сцпления какой то режущий глухой шум под капотом, не сильный, будто что-то обо что-то трется. Появилось вроде только сегодня. Все работает нормально, подозрений ни на что нет. что это может быть?

Выжимной подшипник рассыпался или диск уже клёпками шуршит по корзине и маховику.При дальнейшей эксплуатации,перегрев лапок корзины и полный выход из строя.Хотя уже сейчас говорить о её дальнейшем использовании просто глупо.Просто потом ты можешь где-то на дороге встать,а это эвакуатор и т.д.Лучше сразу в магазин.Ну или на крайняк на разборку.На той неделе сам на разборке купил офигенный комплект с маховиком за 3 т.р.

то есть это однозначно менять сцпление?

Посмотри ещё под капотом,если при выжимании сцепления шкив коленвала стоит на месте,то есть нет продольного люфта,тогда только в сцеплении.Если есть продольный люфт,то всё гораздо веселее.

если есть люфт то что тогда?

Капремонт мотора.

Зачем капремонт снимаешь поддон, коренной бугель последний и меняешь полукольца, если колено ходит, хотя мало вероятно. Я тоже за выжимной при нажатии нагрузка на него идет, при отпускании подшипник первичного вала. Встречал демпферный маховик при перегреве он смещается и появляется вибрация а что бы шумел ни разу!

Так если уже до этого дошло,то самое время и все остальные трущиеся детали поменять.Кольца,вкладыши,МСК,направляющие клапанов как минимум.

А причем тут мотор автор пишет только о сцеплении?

Ну как бы бывает,что появляется продольный люфт коленвала со всеми вытекающими,а если он настолько серьёзный,то мотору обычно "женский половой орган" приснилась.